پدیده ال‌نینو با پایین آوردن سطح آب دریا، به از بین رفتن درختان حرا و آسیب به صخره‌های مرجانی منجر می‌شود
پدیده ال‌نینو در حالت کلی با افزایش دما، بارش‌های شدید و بالا آمدن سطح دریا در برخی نواحی ارتباط دارد؛ اما در نقاط خاصی از اقیانوس آرام، اثرات معکوس و خاصی از خود نشان می‌دهد. کاهش سطح آب در نواحی شمال استرالیا و منطقه مثلث مرجانی ممکن است به خشک شدن و تخریب وسیع جنگل‌های حرا، مرجان‌ها و علفزارهای دریایی منجر شود.
نورمن دوک، که در دانشگاه جیمز کوک استرالیا فعالیت می‌کند، به نیوساینتیست اشاره می‌کند که در ال‌نینوهای حاد سال‌های ۱۹۸۲ تا ۱۹۸۳ و ۲۰۱۵ تا ۲۰۱۶، بخش‌های قابل توجهی از جنگل‌های حرا در شمال استرالیا از بین رفته‌اند.
در واقعه سال ۲۰۱۵، حدود ۷۶ کیلومتر مربع از جنگل‌های حرا در امتداد دو هزار کیلومتر ساحل خلیج کارپنتاریا نابود شد. دلیل اصلی این فاجعه کاهش سطح آب دریا به میزان ۴۰ تا ۵۰ سانتی‌متر بود که حداقل به مدت شش ماه ادامه یافت. به گفته دوک، هر دو این حوادث با کمبود بارش یا کاملاً بدون بارندگی همراه بودند. در نتیجه، درختان حرا که دیگر در معرض آب به اندازه کافی قرار نمی‌گرفتند، به دلیل کمبود رطوبت از بین رفتند.
در ال‌نینوی سال‌های ۲۰۱۵ تا ۲۰۱۶، کاهش سطح آب دریا به میزان ۴۰ تا ۵۰ سانتی‌متر باعث حذف حدود ۷۶ کیلومتر مربع از جنگل‌های حرا گردید.
در شرایط عادی، بادهای تجاری آب‌های گرم اقیانوس آرام را به سمت غرب و سواحل استرالیا سوق می‌دهند و موجب تجمع آب در این ناحیه می‌شوند. اما در زمان وقوع ال‌نینو، این بادها ضعیف شده یا به سمت دیگری تغییر جهت می‌دهند و آب انباشته شده به سمت شرق حرکت می‌کند. این مسأله به نوعی یک اثر الاکلنگی را به وجود می‌آورد: در شرق اقیانوس آرام سطح آب افزایش یافته و در غرب آن کاهش می‌یابد.
در ال‌نینوی حاد مورد بررسی، سطح آب در برخی از نواحی شرق اقیانوس آرام به اندازه ۴۰ سانتی‌متر بیشتر از حد نرمال رسید، در حالی که در بخش‌های غربی اقیانوس، نظیر شمال استرالیا، این سطح کاهش یافت.
نیل سنتیلان، محقق دانشگاه مک‌کواری، بیان می‌کند که چرخه‌های جزر و مد نیز در میزان آسیب نقش دارند. اگر پایین آمدن سطح آب با کاهش قدرت جزر و مد همزمان باشد، جنگل‌های حرا برای مدت زمان بیشتری بدون آب باقی خواهند ماند. او هشدار می‌دهد که در سواحل غربی خلیج کارپنتاریا، کاهش دامنه جزر و مد می‌تواند موجب از بین رفتن وسیع درختان حرا شود.
عواقب کاهش سطح آب به جنگل‌های حرا محدود نمی‌شود. صخره‌های مرجانی کم عمق و علفزارهای دریایی نیز ممکن است هنگام جزر برای مدت طولانی‌تری از آب بیرون بمانند و خشک شوند.
حتی اگر این زیستگاه‌ها زیر آب بمانند، کاهش عمق آب می‌تواند آن‌ها را به دماهای بالاتری معرض کند؛ که این مشکل با گرمایش جهانی و افزایش دمای آب در دوره‌های ال‌نینو تشدید می‌شود.
کاهش سطح آب دریا می‌تواند صخره‌های مرجانی و علفزارهای دریایی را برای مدت قابل ملاحظه‌ای در معرض دماهای بالا قرار دهد.
تحقیقی که با استفاده از ماهواره در سال ۲۰۲۵ منتشر شد، نشان می‌دهد که در اثر ال‌نینوی ۲۰۱۵ تا ۲۰۱۶، تقریبا ۳۴ درصد از ناهنجاری‌های جهانی در شاخص سطح برگ جنگل‌های حرا که معیاری برای ارزیابی وضعیت پوشش گیاهی به حساب می‌آید، به تغییرات سطح آب دریا مرتبط بوده است.
سنتیلان بر این باور است که کاهش سطح آب ممکن است شدت و میزان آسیب به مرجان‌ها را افزایش دهد، هرچند در حقیقت موج‌های گرمایی دریایی به احتمال زیاد علت اصلی آسیب به آن‌ها شناخته می‌شود. اما با این وجود، دانشمندان هنوز نتوانسته‌اند تأثیرات دقیق کاهش سطح آب و گرمایش دریا را در سفید شدن و مرگ مرجان‌های غرب اقیانوس آرام را مشخص کنند.
دوک می‌گوید که به‌هیچ‌وجه نتوانسته است بسیاری از پژوهشگران حوزه مرجان‌ها و علف‌های دریایی را متقاعد کند که کاهش سطح آب در دوره‌های ال‌نینو نیز باید بخشی از تحلیل آسیب به این زیستگاه‌ها قرار گیرد.
